Можно добавить переменную запуска к приложению
env GTK3_RC_FILES= GTK_DATA_PREFIX= GTK_THEME=Adwaita /usr/bin/foo-bar
или для GTK2 приложений
env GTK2_RC_FILES= GTK_DATA_PREFIX= GTK_THEME=Adwaita /usr/bin/foo-bar
Можно добавить глобальную переменную
необходимо добавить в файл /etc/environment пару строк
Для GTK3
GTK3_RC_FILES= GTK_DATA_PREFIX=GTK_THEME=Adwaita
Для GTK2
GTK2_RC_FILES= GTK_DATA_PREFIX=GTK_THEME=Adwaita
Перезагружаем систему
systemctl reboot